El proceso de selección se divide en dos instancias, ambas coordinadas por el Comité del Programa de Magíster en Gobierno, Gestión y Desarrollo Regional.

En la primera, se evalúan los antecedentes académicos, la trayectoria profesional, y la motivación y perspectiva del candidato; en esta instancia, se obtiene una puntuación adicional si se ha completado previamente otro programa de posgrado y si se han desempeñado funciones de dirección o gerencia.

En la segunda etapa, se realiza una entrevista donde se evalúan: la alineación de la motivación con el perfil de egreso del programa, la perspectiva profesional, y la disponibilidad de tiempo y recursos para completar el programa; en esta instancia se obtiene puntuación adicional si se cuenta con un proyecto de investigación definido y si el empleo actual considera algún incentivo por la conclusión del magíster.